為了便于管理，保證潔凈空調(diào)系統(tǒng)正常運行，除特殊情況外，一般宜先考慮采用集中式空氣凈化系統(tǒng)。在一些特殊場合，通過分析、比較，可考慮其它系統(tǒng)形式，如分散式系統(tǒng)。在劃分潔凈空調(diào)系統(tǒng)時，可以根據(jù)室內(nèi)參數(shù)、使用時間、直流式與非直流式等因素來劃分，同時，應充分考慮根據(jù)潔凈度等級與容量大小來劃分。集中式凈化空調(diào)系統(tǒng)與普通空調(diào)系統(tǒng)具有共性。
1、循環(huán)系統(tǒng)
（1）系統(tǒng)劃分
中效空氣凈化系統(tǒng)與高效空氣凈化系統(tǒng)、單向流潔凈室系統(tǒng)與非單向流潔凈室系統(tǒng)應分開設置。
考慮到系統(tǒng)平衡，一個系統(tǒng)內(nèi)的末級過濾器的效率應相近。如果高效與中效空氣凈化系統(tǒng)兩者阻力相差太大，合為一個系統(tǒng)時阻力難以平衡。
如果各過濾器實際風量相差很大，隨著系統(tǒng)運行，則各過濾器阻力增加速度也不同，有可能導致系統(tǒng)失調(diào)。單向流潔凈室中的工藝要求精密，室內(nèi)人員少，工藝本身往往沒有多大的發(fā)熱量，為了達到很高的潔凈度，換氣次數(shù)很大，這樣單向流潔凈室送風溫差就很小。非單向流潔凈室中的工藝一般不太精密，人員相對多，工藝發(fā)熱量和散濕量也大，其換氣次數(shù)因為潔凈度不高而變小，故送風溫差大。若把兩者劃分為一個系統(tǒng)，夏季空氣處理箱若按送風溫差大的要求(即送風溫度低)處理空氣，送風溫差小的(送風溫度高)就須二次加熱(即用加熱量去抵消冷量)，因單向流潔凈室送風量大，其熱量消耗也大，不經(jīng)濟。若按溫差小的要求處理空氣，則不能滿足送風溫差大的要求，在運行上不經(jīng)濟，在管理上也十分麻煩。除此之外，單向流潔凈室系統(tǒng)中，送風墻或送風頂棚上滿布高效空氣過濾器，潔凈室斷面風速為0.3～0.5m/s，每臺高效空氣過濾器至多只用到額定風量的一半，其阻力低于額定阻力。而非單向流潔凈室的送風口中高效過濾器卻往往達到額定風量的80%以上，阻力大于前者。這樣兩者阻力相差100Pa以上，系統(tǒng)也難以平衡。對高效空氣過濾器來說，同樣也存在著阻力增長速率的不一致。若想始終維持系統(tǒng)初狀態(tài)的阻力平衡(即維持設計要求風量分配比)，勢必增設許多調(diào)節(jié)閥，并在運行過程中不斷調(diào)節(jié)，既麻煩也不經(jīng)濟。若兩者阻力相差太大，單靠調(diào)節(jié)閥不一定能平衡，因此一般在集中式凈化空調(diào)系統(tǒng)中，不允許兩者劃為一個系統(tǒng)。若生產(chǎn)工藝要求或經(jīng)分析比較后宜劃為一個系統(tǒng)(例如，只有一間單向流潔凈室，其他均為非單向流潔凈室)時，可增設帶風機的混合室，使單向流潔凈室形成小循環(huán)；或者采用半集中式凈化空調(diào)系統(tǒng)，用末端裝置滿足各潔凈室潔凈度要求，與集中風系統(tǒng)無關(guān)，系統(tǒng)運行就極為方便。
對于某些單位(例如科研單位)用的潔凈空調(diào)系統(tǒng)，系統(tǒng)中各潔凈室同時使用系數(shù)不高，要特別考慮以運行班次和使用時間不同來劃分系統(tǒng)，否則就會在運行中造成很大的浪費。
潔凈室內(nèi)正壓是靠送、回風間差值風量在室內(nèi)無組織滲漏來保持的，室內(nèi)正壓值相當于這些風量從室內(nèi)縫隙滲漏時的阻力。從整個空氣系統(tǒng)平衡角度上講，這些無組織滲漏風量與系統(tǒng)排風量之和，等于進入系統(tǒng)的新風量。對同一系統(tǒng)而言，所維持的正壓值越高，所需新風量也越多，加上有些行業(yè)(如電子元件等)有較大的排風量，這樣系統(tǒng)需要補充很大新風量，一般都大大超過衛(wèi)生要求所需新風量，這就增加了新風過濾和處理負擔。如果選用半集中式凈化空調(diào)系統(tǒng)，可采用全新風集中送風；如果采用集中式凈化空調(diào)系統(tǒng)，可根據(jù)上述原則劃分為幾個小系統(tǒng)。
（2）新風集中處理系統(tǒng)
若生產(chǎn)工藝需要各小系統(tǒng)同時運行，這時可以將各系統(tǒng)的新風量集中處理，然后送到各小系統(tǒng)空氣處理箱再進行處理，這樣經(jīng)過集中處理過的新風，參數(shù)穩(wěn)定，減輕了各小系統(tǒng)空氣處理負擔，有利于穩(wěn)定潔凈室內(nèi)空氣參數(shù)，也便于集中管理新風過濾器。
新風集中處理系統(tǒng)一般只經(jīng)過粗效和中效空氣過濾器過濾(可采用三級過濾)，如下圖所示。根據(jù)所處地區(qū)及能源情況，可以同時進行預熱或預冷處理。新風集中處理系統(tǒng)往往采用獨立的新風機，壓入式供給各小系統(tǒng)，這樣各小系統(tǒng)新風量得以保證，有利于各系統(tǒng)間新風量分配和調(diào)節(jié)，也不會因系統(tǒng)一、二次回風量調(diào)節(jié)等原因而引起新風量的變化。如果需要，新風機也可兼做值班風機用，這樣既可維持室內(nèi)一定正壓，又可防止室內(nèi)夏季因室外空氣滲入引起結(jié)露，冬季也可進行值班供暖。如果生產(chǎn)工藝并不要求各小系統(tǒng)同時運行(即同時使用系數(shù)不高)，就不必強調(diào)新風集中處理。若對各小系統(tǒng)間新風量調(diào)整等問題考慮不全，往往會因某個系統(tǒng)停或開而影響其它系統(tǒng)之間原有的新風量平衡。由以上分析可知，各系統(tǒng)的新風量變化，會引起系統(tǒng)內(nèi)正壓的變化，破壞原有的潔凈室之間、潔凈室與外界之間的階梯式正壓差，從而引起整個系統(tǒng)的參數(shù)波動。這時若各系統(tǒng)分別單獨處理新風，則更有好處。如某系統(tǒng)新風量過大，可單獨設置新風處理箱，專送該系統(tǒng)。

   
（3）新風量和排風量的控制
潔凈空調(diào)系統(tǒng)的新風量是很大的，而且這些被空調(diào)熱濕處理和凈化處理過的新風幾乎是不能回收的。維持新風量正壓的風量是必須保證的，但是實際運行的排風量與設計排風量往往差異很大，隨著實際運行時排風裝置停、開或風量變化，往往引起室內(nèi)正壓值的變化。為維持室內(nèi)合適的正壓，多余風量靠壓力控制裝置(如余壓閥)排放，其浪費是很大的。因此，如在系統(tǒng)設計時，考慮系統(tǒng)的新風量通過中央控制裝置與排風裝置連鎖，則可根據(jù)排風裝置實際排風量，調(diào)節(jié)新風引入量，以降低新風負荷。如果設置余壓閥，則其應布置在潔凈氣流的下風側(cè)。
潔凈空調(diào)系統(tǒng)的空氣處理流程與一般空調(diào)系統(tǒng)大同小異。由于其處理的風量很大，相對來說送風溫差小，如果生產(chǎn)工藝流程中不產(chǎn)生有害物，或有害物能通過排風裝置有效排走，應該在保證新鮮空氣量及正壓的條件下，盡量利用回風。尤其是單向流潔凈室的系統(tǒng)送風量更大，其流程必定是采用二次回風系統(tǒng)，頁且二次回風量很大。如果采用半集中式系統(tǒng)或全分散式系統(tǒng)，雖可以避免大量送回風量往返輸送，但這些風量卻要靠安放在室內(nèi)或鄰室的大風機或多臺風機提供，其噪聲和振動必須處理好。
（4）帶“短循環(huán)"的系統(tǒng)
“短循環(huán)"或小循環(huán)"的方案，是一種比較經(jīng)濟的方法，即在潔凈室附近增設一臺風機，使大量的二次回風不經(jīng)空調(diào)箱直接循環(huán)。這一方案使一次回風和新風負擔熱濕負荷，而使大量的對消除熱濕負荷不起作用的二次回風就近循環(huán)，這樣不但節(jié)約了輸送能耗，而且降低了用來抵消這部分風機輸送動力所轉(zhuǎn)化的熱量的冷負荷。這種方案多用于潔凈室距集中機房較遠，輸送風道較長，或各潔凈室潔凈度、含菌量要求不一，差別較大的系統(tǒng)。因風機離潔凈室近，對潔凈室噪聲和隔振處理不利。
如果系統(tǒng)中各潔凈室的熱、濕及塵負荷不大，也不產(chǎn)生有害氣體，或有害氣體能有效排走，即在高級別潔凈室的污染物對低級別潔凈室無污染的場合，可以采用串聯(lián)運方式。潔凈空氣先送入高級別的潔凈室，高級別潔凈室排出的氣流直接進入低級別的潔凈室，對低級別潔凈室內(nèi)的污染物進行稀釋凈化，各室之間的間隔采用多孔板壁，各室逐個串聯(lián)，污染空氣通過回風回到空調(diào)機房進行處理重復利用，另一部分排出室外；排出室外部分，由新風系統(tǒng)補充。這種系統(tǒng)可以縮小空調(diào)設備、空調(diào)機房及風道斷面，降低成本，節(jié)約能源和降低運行費用。

（5）分散式空調(diào)系統(tǒng)
如果是對原有建筑進行潔凈系統(tǒng)改造，則應根據(jù)生產(chǎn)工藝要求和現(xiàn)有建筑的具體情況，因地制宜，不必強求正規(guī)的空氣處理流程。由于集中式凈化空調(diào)系統(tǒng)的管道截面大，占用空間大，還需要一個面積較大的專用機房，現(xiàn)有的建筑難以適應，而且改造工程中土建工作量很大，施工周期長。因此，大多數(shù)改造工程采用半集中式和全分散式凈化空調(diào)系統(tǒng)。如原有廠房內(nèi)有空調(diào)系統(tǒng)時，可在原空調(diào)系統(tǒng)內(nèi)增設過濾設備，并通過提高風機轉(zhuǎn)速，增設不同局部凈化設備來滿足潔凈系統(tǒng)改造要求。
（6）直流式系統(tǒng)
如果生產(chǎn)工藝過程中散發(fā)出大量有害物，又無法用局部排風有效排走時，潔凈空調(diào)系統(tǒng)不能利用其回風，只能采用直流式系統(tǒng)。大量經(jīng)空調(diào)熱濕處理和凈化處理過的空氣，隨排風排到室外，浪費了大量的冷量或熱量，在有條件的地方，應在排風口處設置熱回收裝置，回收排氣中的能量。如室內(nèi)產(chǎn)生危害性很大的污染物質(zhì)(如放射性塵埃)，為防止對室外空氣造成污染，向室外排風需經(jīng)高效過濾器過濾。對于高放射性塵埃，必須采用雙級高效過濾器串聯(lián)排風。工業(yè)潔凈廠房生產(chǎn)工藝過程中產(chǎn)生的氣體如果是有害氣體，排放處理要根據(jù)有害氣體的性質(zhì)，對其進行水浴、吸收、吸附或其它化學處理。總之，只有在萬不得已的情況下才采用直流式系統(tǒng)，應盡量采用局部排風。不僅要能使有害物盡快有效的排走，而且還要通過減少局部排風的操作口面積或采用密閉罩等措施來減少排風量。
2、排風系統(tǒng)
對潔凈空調(diào)系統(tǒng)來說，減少排風，盡量利用回風，比普通空調(diào)系統(tǒng)具有更大的技術(shù)經(jīng)濟意義。需排風的工藝設備宜布置在潔凈室下風側(cè)。
應根據(jù)不同的排風對象選擇排風系統(tǒng)，具體如下：
（1）無機排風濕式處理
以使用無機藥品的化學通風的排風為主，平時僅排出空氣，混有藥品氣體的特殊作業(yè)環(huán)境排風時用這種系統(tǒng)。強腐蝕性、強酸性氣體混合時要用聚氯乙烯板材制作風道，末端用濕式處理(洗滌器)將有害氣體溶于溶液再排到空氣中，風道中途水平管上要設排水口。
（2）有機排風干式處理
用于乙醇、三氯乙烯等溶劑或光刻膠處理等，管材用聚氯乙烯會被溶解，故用不銹鋼。末端為干式處理，通過活性炭過濾器，吸附有機溶劑。
（3）特殊排風濕式處理
用于氫、甲烷等爆炸性氣體的排風，末端是濕式排風，溶于水再排出。管材用聚氯乙烯或不銹鋼。甲烷和空氣接觸有燃燒危險，所以即使用聚氯乙烯管，其末端還必須用金屬管；制膜(也包括外延)工序用氯氣很多，不銹鋼管長期使用也會腐蝕。
（4）泵的排風濕處理
工藝裝置內(nèi)的排風和泵的排風，由于會積油，不要和可產(chǎn)生火星的排風連在一起。
（5）熱排風濕處理
氧化裝置、燒結(jié)爐的散熱排風屬該類型，可熱回收。